黑痣菌Phyllachora为专性活体寄生菌,其寄主范围十分广泛,出现大量寄主范围差异很大,但形态学特征十分相似的现象,为其准确分类和进化研究带来了很大的困难。因此黑痣菌的分类标准不明确,不同分类学家之间有不少争议。为了明确黑痣菌种间水平的多样性,本研究从宾川鸡足山采集了4种混合生长的寄主植物旱茅Eremopogon delavayi、水蔗草Aplida mutica、荩草Arthraxon prionodes、阿拉伯黄背草Themeda triandra的黑痣菌,与分别在丽江、昆明、临沧等地采集的旱茅、水蔗、荩草、阿拉伯黄背草等同种寄主植物的黑痣菌进行比较。通过形态学观察及ITS、28srDNA、 β-Tubulin基因系统进化分析黑痣菌种间亲缘关系。结果表明,供试菌株的ITS、28srDNA、 β-Tubulin几个标记分子的序列大小分别为530bp、900 bp、 510bp,相同寄主的黑痣菌ITS、28srDNA、 β-Tubulin序列均一致。不同寄主间黑痣菌的ITS、28srDNA、β-Tubulin基因序列的相似性分别为为83％、92％、94％,都达到了划分不同钟的水平。与此相对,生长在相同环境中的不同植物上采集到的黑痣菌,其遗传差异十分清晰；在系统发育树中,4种寄主植物上寄生的黑痣菌位于4个不同分支上,相同寄主的黑痣菌以100％的自展支持率位于同一分支,表明黑痣菌的种的形成与寄主植物关系密切,与寄主植物存在显著的共进化关系,而不同种黑痣菌的寄主范围严格受到寄主的限制,即使症状的形成与繁殖条件十分相似。这种寄主一寄生物的互作关系对于黑痣菌种间遗传多样性的形成具有重要作用。