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由于真核藻类形态学上的复杂性,分子系统学分类法凭借其准确的分辨能力日益受到分类学界的重视,基于rDNA定种的群落多样性分析逐渐成为评估环境微生物多样性的主要方法。18SrDNA长期以来被用于真核藻类群落多样性分析;色素体16S rDNA作为光合生物特有的基因,近年来逐步开始用于真核藻类群落多样性分析。然而,随着18S rDNA数据库的不断扩增,早期报道的PCR引物很难覆盖大部分的真核生物类群;另一方面,已报道的色素体16S rDNA PCR引物很难排除蓝细菌DNA的干扰。因此,为了更好地评估真核藻类群落多样性,需要对已报道的18S与色素体16S rDNA PCR引物进行评估,并试图设计扩增效果更好的PCR引物。为此,本研究利用18S rDNA数据库(Silva111)、16S rDNA数据库(RDP-Ⅱ)组建DNA子数据库,应用Primrose软件生成PCR备选引物,并结合Taxman软件与Oligo软件对引物扩增效果进行理论性评估,并通过长江口沉积物柱状样DNA真核藻类群落多样性分析对新引物进行扩增效果的实际评估。结果表明,PCR引物设计环节,通过运行Primrose共产生引物简并碱基数≦1的18SrDNA、色素体16SrDNA备选引物106条、123条。PCR引物理论扩增能力评估环节,Taxman与Oligo分析结果显示,18SrDNA已报道的1-516引物真核藻类的总扩增比例为19.8%,新设计的1143-1637引物相应值为66.8%;16SrDNA已报道的491-1313引物真核藻类的总扩增比例为24.3%,新设计的1050-1346引物相应值为63.2%。分别使用新设计18S、色素体16SrDNA引物1143-1637与1050-1346对沉积物DNA进行PCR扩增,均获得单一目的条带。对色素体16SrDNA引物1050-1346扩增产物进行DGGE-切胶-DNA测序分析,发现了伪矮海链藻(Thalassiosira pseudonana)、三眼小盘藻(Minidiscus triocutatus)、小球藻(Chlorella spp.)等藻类DNA的存在,且未检测到蓝细菌rDNA的扩增。根据以上结果可以初步确定,基于数据库与软件分析对类群特异性PCR引物的设计与评估具有一定的可行性,应用该方法得到的PCR引物适用于真核藻类群落多样性的初步分析。