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本文认为，区域问题是区域协调发展的逻辑起点，制度化的多层次组织结构是结构保障，区域共同市场是行为规则，灵活多样的政策工具是激励保障，法律基础设施的设立是法制保障。从区域问题出发，到中央政府的区域战略制定，再到区域协调机构和地方政府区域规划的形成，确定政策目标以及到政策实施以及区域政策的评估等方面，构成了一个完成的区域政策运行体系。要想使区域协调发展政策运行机制真正得以发挥作用，必须创新现有的制度环境，建立多层次的区域协调发展机构，建立区域共同市场，运用多种混合的政策工具、完善区域政策运行机制以及建立完善的法律基础实施。