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细胞凋亡是正常Ｔ细胞和Ｂ细胞分化和稳定的重要机制。近年来，越来越多的研究表明细胞凋亡在自身免疫病的发病机制中重要作用。Ｆａｓ／ＦａｓＬ途径介导的细胞凋亡的抑制是产生自身反应性Ｔ细胞和自身抗体的主要原因。ＤＮＡ低甲基化也会抑制细胞凋记，导致自身反应性Ｂ细胞的增殖。细胞凋亡的抑制能引起细胞因子的异常分泌，异常的细胞因子谱反过来抑制细胞凋亡，使得Ｂ细胞和Ｔ细胞等免疫细胞自我耐受发生破坏和自身抗体大量产生