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利用基因芯片可以鉴定病原菌在不同宿主微环境中受到差异调节的基因、直接或间接由转录因子控制的基因，以及编码多步骤代谢和生物合成途径中各种组分的基因；通过比较基因组学研究，评价相关菌种和菌株的自然群体内遗传多样性的范围和特性，并在ORF水平描述病原体和共生体之间的差异；同时也可进行感染组织细胞基因表达分析，研究病原体和宿主之间复杂的相互作用关系。