大股东及关联方占用上市公司资金严重削弱了上市公司的资产质量，使企业的资本结构恶化，影响上市公司的偿债能力、盈利能力和营运能力，直接损害了中小股东的合法权益。
　　国外较早开始对大股东侵占研究。1997年，Shleifer和Vishny的研究发现，当大股东掌握公司的控制权时，如何防止大股东对其他股东利益的侵占成为公司主要的代理问题。2000年，Johnson、La Porta、Lopez-de-Silanes和Shleifer用“隧道挖掘”的概念来对此进行描述：是指将企业的资产和利润转移到自己手中各种合法和不合法的行为。
　　近年来，国内也出现了大量关于资金占用的研究。如，唐清泉、罗党论和王莉于2004年的研究表明，在中国存在大股东的隧道挖掘行为；研究发现，在大股东的持股比例较低的情况下，大股东的隧道挖掘行为明显，但在持股比例较高（超过50%）的情况下并不明显。高雷、何少华于2006年的研究表明，资金侵占作为大股东隧道挖掘行为的一种，在中国已经成为一种非常严重的公司治理问题。
　　李增泉、王志伟和孙铮于2004年以沪深A股上市公司为样本，对第一大股东持股比例和资金占用之间关系的研究，发现两者之间有显著的非线形关系：持股比例和资金侵占存在先上升后下降的非线性关系；研究还发现，与其他股东的持股比例存在严格的负相关。研究还发现，国有企业控股的公司资金占用高于非国有公司的资金占用。
　　审计署重庆办的陈丽娜、杨妮和曹涛认为，大股东长期大量占用上市公司资金，将产生以下危害。
　　首先，会计信息失真，报表利润被误读，增大投资风险。大股东占资会影响上市公司利润的数量和质量。
　　从数量上来说，上市公司每年都必须对“应收账款”和“其他应收款”计提坏账准备，作为资产减值损失直接减少“营业利润”金额，这部分资金通常是长期占用、归还期限未定的应收款项，且容易由于回收不力等原因产生大额的坏账，因此需要计提较大数额的坏账准备影响利润，对上市公司的业绩具有较大的蚕食性。
　　从质量上来说，上市公司为了掩盖公司盈利能力被弱化的情况可能会粉饰业绩和报表，一方面财务报表中的利润中可能包含巨额的资金占用费以及大量的关联交易形成的利润；另一方面也有可能存在对坏账的计提不足的情况，两方面都会导致报表中利润的真实性和可靠性下降，从而影响了上市公司的实际利润质量。同时，这种处理也导致对大股东的某些关联交易会计监管不能有效实施，从而使得会计信息失真，掩盖了上市公司的许多不合法交易，使投资者面临巨大的投资风险。
　　其次，大股东的资金占用影响了上市公司的偿债能力。大股东占资会影响公司的偿债能力，公司短期偿债能力的指标如流动比率、速动比率、现金比率和现金流量比率等均以流动负债为分母。
　　一方面大股东占用资金必然导致上市公司的流动资产缺乏；另一方面如果占用资金对应的是银行短期借款，就会造成这些指标值下降，即上市公司短期偿债能力降低。如果对应的是长期借款或募集的股本就会影响资产负债率、产权比率、权益乘数和现金流量债务比等，导致财务风险增大。而且由于相对应的应收账款和其他应收款并不是优质的盈利资产，不会产生现金流，大股东在还款时存在还款期限较长、以劣质资产抵债等情况，就可能导致公司不良资产比例上升，缺乏充足的现金来偿还到期债务，现金链条断裂引发信用危机和财务危机。
　　再次，严重影响上市公司的盈利能力和营运能力。上市公司大额资金被占用会影响公司正常的生产经营，降低经营效率，对公司的盈利能力和营运能力都会产生严重影响。大股东占资，通常会表现为应收账款和其他应收款增加，从而导致公司的应收账款周转率、流动资产周转率、总资产周转率下降，即公司的营运能力下降。
　　同时大股东占资由于对净利润存在上述数量和质量两方面的作用，会影响公司的销售净利率、资产净利率和权益净利率，降低其盈利能力。从短期来讲可能会导致公司连续亏损，造成公司被迫退市，从长期来讲，可能会使公司资不抵债而最终走向破产。
　　另外，大股东占用资金对中小股东的危害。大股东占用上市公司资金，直接侵犯了公司的法人财产权，侵害了中小股东的财产权。大股东享有控制权会造成大股东与中小股东之间严重的委托代理问题，即大股东倾向于利用手中的控制权以占用资金等方式从上市公司手中转移资产和利润，从而“掏空”上市公司，侵害中小股东的利益。大股东往往通过其控股地位利用上市公司资源为集团牟利，侵害中小股东的权益。