养殖环境中的微生物在物质循环及能量流动中发挥着重要的作用。对养殖环境中微生物多样性研究,不仅可以为养殖过程中病害防治提供基础,还可以发现新的微生物资源。本文利用Mi Seq测序技术分析了大连某养殖公司红鳍东方鲀养殖环境中室内养殖环境水、室外入水口水和底泥中菌群结构特征,从室内养殖环境水、室外入水口水和室外入水口底泥样品中分别获得27164、41146和30474条有效序列。结果表明:红鳍东方鲀养殖环境中具有较高的菌群多样性,其中室外入水口底泥中菌群多样性较其相应养殖水环境中菌群多样性高;3个样品中的细菌可归为33个门类,除常见报道的绿弯菌门、拟杆菌门、浮霉菌门、蓝藻门、酸杆菌门、变形菌门、梭杆菌门、疣微菌门、厚壁菌门和放线菌门外,还有23个鲜见报道的门类的菌群被检测到;各样品中菌群组成虽有差异,但变形菌门和拟杆菌门为优势菌,约占68.33%~93.37%。本文揭示了大连某养殖公司红鳍东方鲀池塘养殖环境中的菌群多样性和丰度,比较了其菌群结构及差异,为红鳍东方鲀健康养殖提供参考。