为了全面了解独特、珍稀植物黑果枸杞果实中简单重复序列的分布特征及分布规律，为珍惜西北特有种质资源的保存及对其合理的开发和利用提供遗传学和分子生物学理论依据，利用Illumina Hi Seq? 4000高通量测序平台对黑果枸杞进行RNA-seq测序，再通过专业数据分析软件软件MISA对测序所获得的Unigene进行SSR深入挖掘和特征分析。结果显示，黑果枸杞转录组测序共获得101 466条Unigenes，筛选搜索到含SSR位点的序列15 494条，共得到20 269个SSR，发生频率为19.98%。平均约每4 kb出现1个SSR位点。黑果枸杞SSR中主要重复单元类型为单碱基和二碱基重复，分别占SSR总数的74.83%和12.68%，在统计的46种重复类型中(C/G) n所占比例最高(14 652, 72.15%)，其次是(AG/CT) n (1 195, 5.90%)、(AT/AT) n (3.72%)和(AC/GT) n (3.04%)。在SSR序列长度方面，长度变化范围最大的为三碱基重复(15～39 bp)，其次是单碱基重复(10～32 bp)，SSR位点的频率与分布长度呈负相关。黑果枸杞转录组中SSR位点分布频率较高，重复单元类型丰富，分布密度大，具有较高的特异性和多态性，为研究黑果枸杞的遗传多样性及分子标记辅助育种等方面提供可靠的理论依据。