分析了川渝7个县（／区）18个位点野生羊肚菌的生态环境；同时对羊肚菌的品种进行鉴定。运用SPSS对各位点野生羊肚菌的生态环境相关数据（包括海拔、生长环境、土壤物理指标和有机质、总氮、总磷等化学成分）进行因子分析。采用内转录间隔区（ ITS）序列，结合观察特征，鉴定各位点羊肚菌品种。各位点样品PCR扩增所得片段大小约为1200～1800 bp，经过测序及BLAST分析，18个位点羊肚菌品种集中为羊肚菌（ Morchella esculenta）、尖顶羊肚菌（ Morchella conica）、小羊肚菌（ Morchella deliciosa）等7个种类，与根据形态命名方式得到的结果差距较大；其生境中关键因子为有机质，范围为0．55％～2．60％；其次是磷元素和含水量。西南地区野生羊肚菌生境相似度较高，品种较为集中，为西南地区羊肚菌野生资源研究和人工栽培提供了参考依据。