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产学研协同创新已成为知识经济时代知识创新的主要模式.高校作为创新主体,探究其如何进行组织变革以适应多方协同的要求非常必要.从协同创新的组织协同层面探讨了目前高校组织结构存在的问题,根据组织内外部协同的要求,提出未来高校组织变革的方向：构建基于矩阵式的组织结构,并提出具体的构建思路和配套措施,为高校在协同创新中的组织变革提供一个新的思路.