基于OpenCL的RNA二级结构预测算法

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包含假结的RNA二级结构预测在计算分子生物学中一直是一个重要的研究领域,而预测包含任意类型假结结构已被证明为NP完全问题。为了解决此类问题,在CPU平台上实现了一种改进的遗传算法。该算法可预测包含两类假结结构的RNA序列,敏感性可达到0.775,阳性预测率可达到0.8225。针对基于遗传算法带假结的RNA二级结构预测低效的问题,提出了基于OpenCL的异构并行加速算法。该算法在分析串行算法并行性的基础上,在种群迭代进化阶段进行异构加速,并基于GPU设备和OpenCL编程框架改进算法过程。为验证所提算法的可
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