通过收集1998-2008年我国30个省市创新投入产出及相关影响因素的面板数据,应用随机前沿函数测度了各区域的研发效率及影响因素。发现:(1)未考虑效率影响因素时,中国区域研发效率较低;考虑影响因素后,短期效率得到提升,中期经过一个短暂的下降调整,长期进一步提升。(2)研发效率的影响因素中,政府资助对研发效率的作用,短期中促进效果不明显,中长期甚至出现负面效应。金融支持对研发效率的影响各期均显著为负。企业主体对研发效率的影响短期为负;长期中,有显著促进作用。产学研合作对研发效率的影响:短期与长期显著为负;中期正面影响不显著。FDI对研发效率的影响:短期中有显著促进作用,中期中会抑制研发效率;长期中促进效应不显著。基础设施、人力资本对研发效率有显著的促进。经济增长对研发效率随不同时期呈不显著、显著状态的正面影响。地理区位对研发效率有负面影响,短期显著,中长期不显著。在此基础上提出了有效提升区域创新效率的政策建议。