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目的
分析2017—2018年泰安市柯萨奇病毒A4型(Coxsackievirus A4, CV-A4)分离株的基因组特征。
方法收集2017—2018年到泰安市妇幼保健院就诊且临床表征为手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)特征的患儿咽拭子样本共60份，利用肠道病毒(enterovirus, EV)通用引物，经荧光定量PCR进行鉴定。核酸阳性样本进行高通量测序。通过Mega5.05、RaxML软件进行全基因组序列及VP1基因系统发育分析，并进行同源性及氨基酸突变位点分析。
结果4条CV-A4全基因组序列，标本来自17～19月龄幼儿。系统进化分析表明，除了MG550920/AA/Henan/2016以外，包括4株泰安株以内的中国CV-A4毒株(97.2%)均位于Group 3分支。根据VP1基因可划分为4个基因型，98.5%的国内毒株均位于基因型D分支，4株泰安株位于基因型D2。值得注意的是，分离株A1/Taian同澳大利亚株(C179、C062)的全长序列及VP1基因进化关系均较近，且均与本实验室2016年烟台分离株YT184R高度同源。与CV-A4原型株High Point相比，4个泰安株在结构蛋白编码区即P1区共有18个位点发生氨基酸突变。
结论4株泰安CV-A4分离株同国内多数CV-A4株的全基因组及VP1基因均位于同一进化分支，为近期国内流行株，与原型株相比其P1区发生了多个氨基酸变异，值得进一步研究。