【摘 要】
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目的 基于卵巢癌相关的非编码RNA高通量测序数据,构建竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络并进行功能富集分析,研究筛选参与的卵巢癌发生和发展的lncRNAs.方法 采用GEO数据库的RNA-seq测序数据和miRNA-seq测序数据,筛选差异表达的长非编码RNA(lncRNAs),miRNAs和mRNAs,并根据ceRNA理论构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络.采用KOBAS工具对基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析.采用R语言的pROC函数进行受试者工作特征
【机 构】
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广州市番禺区第五人民医院,广东 广州 510000;广州市番禺区第六人民医院,广东 广州 510000;广州市医科大学附属肿瘤医院,广东 广州 510000
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目的 基于卵巢癌相关的非编码RNA高通量测序数据,构建竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络并进行功能富集分析,研究筛选参与的卵巢癌发生和发展的lncRNAs.方法 采用GEO数据库的RNA-seq测序数据和miRNA-seq测序数据,筛选差异表达的长非编码RNA(lncRNAs),miRNAs和mRNAs,并根据ceRNA理论构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络.采用KOBAS工具对基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析.采用R语言的pROC函数进行受试者工作特征ROC(曲线)分析.结果 lncRNA FTX与PDS5B表现最高的正相关关系(R=0.91,P<0.001),GEO数据库分别获得22个差异lncRNAs,149个差异miRNAs和1409个差异mRNAs分子,并成功构建卵巢癌相关的ceRNA调控网络.GO和KEGG分析表明失调的mRNAs主要与TGF-β1调控,细胞增殖及补体信号通路等有关.结论 本研究通过综合生物信息分析策略,构建卵巢癌特异性的lncRNA相关ceRNA调控网络,并鉴定lncRNA FTX可作为潜在的诊断分子靶标,为卵巢癌早期诊断提供参考.
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