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新的免疫粒子群集成算法是根据个体的浓度和适应值概率，利用免疫机制，在粒子群优化算法中设计了免疫替换算子，有效防止了粒子群优化算法易陷入局部最优的缺陷；通过集成技术，充分发挥各种粒子群优化算法的优点，实现协同演化，提高了算法的全局搜索能力。最后用免疫粒子群集成算法去进行多序列联配，实验证明了算法的有效性。