藏鸡(Gallus gallus domesticus)是生活在青藏高原的地方鸡种,经过一千年多年的驯化,已经适应了高原缺氧的环境.研究藏鸡种质资源的遗传多样性对该品种的保护和开发利用具有重要意义.本研究首先对40只藏鸡线粒体D-loop区进行测序,并鉴定了4种单倍型,然后对4种单倍型代表性个体进行线粒体基因组测序,并与已发表的红色原鸡(G.gallus)线粒体基因组进行了系统进化关系分析.结果表明,藏鸡包含4种单倍型,分别归属A、B和E三个单倍型类群,基于D-loop区分析得到的单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.658±0.065和0.00442±0.00094.藏鸡线粒体基因组长度为16785 bp,包含22个tRNA基因、2个rRNA基因(12S rRNA和16S rRNA)、13个编码蛋白基因和1个D-loop区,基因重叠区域共计7处,基因间隔区域共计17处.系统发育分析显示,用D-loop区和线粒体基因组构建的藏鸡和红色原鸡的系统发育树在分支聚类上存在差异.上述结果揭示,本研究藏鸡群体遗传多样性较低,母系来源可能有多个;在系统进化分析中,线粒体基因组比D-loop区更具优势.本研究为藏鸡的选育利用和有效保种提供遗传背景资料和理论依据.