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通过回马感染试验进一步证实了A／马／吉林／1/89（H3N8）和A／马／黑龙江／15/90（H3N8）毒株是我国近两次马群中流感流行的病原。用此两株病毒感染马后，所引起的临床症状，相互间无明显差异，但在排毒和抗体应答方面后者比前者弱得多。通过毒粒HA基因核苷酸序列和由此推导出氨基酸序列分析，发现的两株病毒HA基因间少数核苷酸序列发生了替换，导致了少数位于HA1区与识别受体结构有关的氨基酸的改变。由此引起了毒粒与宿主细胞上受体结合力的下降，降低了毒粒的感染力和在马机体中复制的能力，造成了两次流行程度上的差异。通过血清流行病学调查表明，虽然被感马所获得的免疫力是较持久的，但易感马仍大批存在。因此，两次流行程度上差异并不是由于易感马数量减少所致。