以粳稻Azucena为父本与籼稻IR64杂交发展的一双单倍体（DH）群体，与籼稻IR1552杂交发展的一重组自交系（RI）群体为材料，应用分子标记图谱对2个群体在大田和盆栽2个环境下的穗长进行QTLs及上位性效应分析。DH群体中共检测到6个穗长QTLs，位于第1、4条染色体上的3个QTLs，在2个环境中稳定表达，未检测到上位性效应，加性效应为穗长遗传主效应；RI群体中，共检测到3个穗长QTLs及6对互作效应位点，位于第4条染色体上的1个QTL及位于第1、12条染色体上的2个互作位点在2个环境中稳定表达，上位性效应表现为遗传主效应。在2个群体中均检测到的与穗长相关的1个QTL位于第4条染色体RG163～RZ23区间内，遗传正效应等位基因来源于Azucena；位于第1条染色体与RG323连锁的位点在DH群体中表现为1个QTL，但在RI群体中表现为互作位点。