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除草剂药害产生的原因错综复杂，既有环境和使用方面的因素，也有除草剂本身的因素，概括起来主要有以下几种。
1.雾滴直接飘移与挥发飘移
喷施除草剂时，或多或少都有飘移的问题。尤其应用短侧链苯氧羧酸类、苯甲酸类、二硝基苯类、硫代氨基甲酸酯类及杂环类除草剂之中的一些蒸气压较高、挥发性较强的品种，如2，4滴丁酯、2甲4氯钠、氟乐灵、广灭灵等，在喷施的过程中，由于形成的雾滴过小，空气温度相对过小、光照过强、喷头位置距地面过高，均易造成雾滴挥发与飘移，因此，往往会使邻近被污染的敏感作物及树木等遭受不同程度的危害。其中，以2，4滴丁酯最为严重与突出，在地面喷施，其雾滴有时能飘移到1000～2000m的距离；应用氟乐灵等一些除草剂，在地面喷施，其雾滴有时也能飘移到500m以上距离。
此外，应用芳氧苯氧丙酸类、环己烯酮类、磺酰脲类、咪唑啉酮类、二苯醚类、苯晴类、杂环类除草剂之中的一些对敏感作物危害性较大的品种，如精吡氟禾草灵（精稳杀得）、精喹禾灵（精禾草克）、烯禾啶（拿捕净）、砜嘧磺隆（宝成）、烟嘧磺隆、咪唑乙烟酸（普施特）、溴苯腈、二氯喹啉酸等，或在应用灭生性除草剂，虽然没有雾滴挥发的问题，但由于在喷洒的过程中控制安全用药的措施不严，也会对邻近的敏感作物造成药害。
此类除草剂药害预防方法是在周围有敏感作物的地块尽量避免使用此类除草剂，如必须使用，在喷洒的过程中要严格控制安全用药的措施。
2.药滴沾染与雨点溅染
应用二苯醚类、苯腈类、苯基酞酰亚氨类及杂环类除草剂之中的一些选择性较差的品种，如在大豆田应用氟磺胺草醚或在玉米田应用溴本腈（伴地农）做茎叶处理，由于气象条件不好及作物长势较弱，有时会使大豆或玉米沾药滴的叶片局部产生灼斑。此类除草剂药害预防方法是选择适宜气候条件进行喷洒。另外，在玉米田应用灭生性除草剂，由于防护措施不严，常有少量雾滴落到玉米下部叶片上造成一些局部的药害。此类除草剂药害预防方法是在喷洒的过程中要严格定向喷雾。
3.排灌用水、地表径流及药械、包装物污染
在农田或非耕地，使用某些水溶性较强、持效期较长的选择性、灭生性除草剂，随着降雨形成的地表径流入敏感作物的田中，或随着排水带入灌渠，有时会直接或间接导致作物受害。此类除草剂药害预防方法是在敏感作物田周围不要使用此类除草剂。喷洒苯氧羧酸类、磺酰脲类等一些除草剂之后，如2，4滴丁酯、氯嘧磺隆，未将喷雾器械清洗干净，再去喷洒其他农药或肥料则易引起敏感作物受害。此类除草剂药害预防方法是将喷雾器械清洗干净，再用来喷洒其他农药。对用过的除草剂包装物及残余药液处理不当，也会造成药害。此类除草剂药害预防方法是对用过的除草剂包装物及残余药液进行正确处理，不要丢弃到敏感作物田附近。
4.土壤残留
应用三氮苯类、磺酰脲类、咪唑啉酮类、二苯醚类及杂环类除草剂之中的一些在土壤里残留时间较为持久的除草剂品种，若轮作不当，往往会对后茬作物造成危害。当前常用的有残留影响的除草剂，主要有以下几种：莠去津、嗪草酮、氯嘧磺隆、咪唑乙烟酸、氟磺胺草醚、异恶草松、二氯喹啉酸。此类除草剂药害预防方法是在进行农作物轮换种植时不要种植敏感作物。
5.除草剂选择性不强
用于茎叶处理的触杀型除草剂，如氟磺胺草醚对大豆的选择性（安全性），溴苯腈（伴地农）对玉米的选择性，都不很强，施用之后，难免会使适用作物产生一些暂时性药害。这些除草剂虽然有药害，但因药效较为突出而仍被作为重要的除草剂之一。
此外，还有一些除草剂，如砜嘧磺隆等的安全用量幅度很小，对环境条件要求较严，因此，在应用时稍有用量不准确、施用不均或环境条件不适，便易产生药害。此类除草剂药害预防方法是严格按使用方法和使用量进行施药。
6.除草剂降解产生毒物
由除草剂降解产生有毒物质而引起药害，则称为次生药害。已发现在降解过程中能产生有毒物质的除草剂有禾草丹等。此类除草剂药害预防方法是严格按使用量进行施药。
7.环境条件不良或变化异常
通过研究各种有机除草剂，发现它们或轻或重都会受到环境的影响。在施用当时和施后，若遇到天气变化异常、土壤条件不良等，往往会导致或加重对适用作物的危害。其中某些易受温度、湿度影响的除草剂，施于低洼冷凉、土壤过湿的地块，或在施后遇到低温、多雨、寡照、高温、干旱、大风等，常使作物的幼芽、幼苗遭受不同程度的抑制与危害。例如：在水稻移植田施用丁草胺、莎稗磷、恶草酮等遇到低温时，施用西草净遇到高温时，均对水稻不安全。在水稻旱育苗秧田，应用丁草胺或丁·扑混剂，由于棚内温度最高可达35℃～40℃，最低可降至0℃左右，因此很易引起稻芽、稻苗受害。在这种秧田，应用丁草胺或丁·扑混剂，除了温度过高或过低，若苗床的土壤湿度过大，也易引起稻芽、稻苗受害。
某些易受土壤有机质含量、质地或酸碱度影响的除草剂，用在土壤有机质含量较低、砂质土或pH值较高的农田，也会使作物遭受一定的抑制与危害。例如，在土壤有机质含量小于2%或砂质土、碱性土上应用水溶性较强的嗪草酮及其混剂等，均会引起适用作物受害。
8.施药机械性能不良或作业不标准
使用机引式多喷头喷雾器，由于各个喷嘴的流量不一致，喷幅的联接带重叠及喷嘴后滴等，或采用非扇形喷头，皆能造成喷施药液不均，致使局部地面着药量过多而造成作物受害。此外，喷药时联接喷头的联杆两端未控制在同一高度上，或喷头距地面、叶面过低（低于40cm），喷嘴的方向不正或不一致，地头转弯关闭控制阀不及时，行进速度偏慢，也会导致局部地面、叶面着药量过多而导致作物受害。
使用背负式单喷头、双喷头喷雾器，步行速度不一，把持喷头高低位置不准、左右摆动不定、喷嘴方向不正，给液泵加压不均等，更易使局部地面、叶面着药过量造成药害。采用药土法（毒土法）施药，混拌药土和撒施药土不均，常会造成局部药害。 另外，在施用茎叶处理剂时，尤其是在施用触杀型茎叶处理剂时，配制的药液浓度过大，即液量过少则往往会导致着药不均而造成局部药害。
9.施用方法不当
如在秧田施用丁草胺，就需要在播种当时做土壤表面处理，若未将种子用土盖严或盖土厚度不够，则易造成药害。
10.施用时期不当
大多数选择性除草剂，对作物都有一定的安全施用期，若提前或拖后施用，便易引起作物受害。
11.用药过量
所有选择性除草剂，也都有一定的安全用量幅度。尤其是苯氧羧酸类、苯甲酸类等激素型除草剂和二苯醚类、苯腈类等触杀型除草剂之中的一些安全用量幅度较小的品种，以及各类除草剂之中的一些残留问题较大的品种，还有磺酰脲类、咪唑啉酮类等生物活性极高、用药量很少的一些除草剂之中的安全性稍差的品种，若施用过量，很容易造成药害。然而，有些农民为了获得高效，用药“宁多勿少”，往往应用活性较高、用量较少、用量限度较严的除草剂，由于过量而引起许多药害发生。
12.选用除草剂种类或混用、连用配伍不当
水稻体内有一种芳基酰胺酶对敌稗的水解起重要作用，而2，4滴以及有机磷、氨基甲酸酯类杀虫剂能干扰与抑制芳基酶的活性，若为了扩大杀草谱或兼治潜叶蝇等苗期害虫，将2，4滴或有机磷、氨基甲酸酸酯类杀虫剂混用，则会影响其水解酶对敌稗的解毒而使水稻受害。
在大豆田防除杂草及兼治虫害，若将灭草松与喹禾灵等除草剂或氨基甲酸酯类杀虫剂混用，易使大豆遭受灭草松危害。
在施用某种除草剂之后或之前，相继施用对其安全性有影响的其他除草剂、杀虫剂、杀菌剂等，往往也会引起作物受害。例如，在玉米田施用砜嘧磺隆（宝成）之后，紧接着施用有机磷类杀虫剂；在大豆田施用灭草松之后，紧接着施用有机磷、氨基甲酸酯类杀虫剂；在大豆田施用灭草松之后，又施用扑草净；在大豆田及其他作物田应用了磺酰脲类或其他类长残留除草剂之后，第二年又施用同一类除草剂；在大豆田施用有机磷类、氨基甲酸酯类杀虫剂之后，再施用氟乐灵等二硝基苯胺类除草剂；在大豆田播种以有机磷杀虫剂处理过的种子，再于播后苗前喷施嗪草酮；在水稻田施用敌稗之后，紧接着施用2，4滴或有机磷、氨基甲酸酯类杀虫剂，均易使其作物遭受连用除草剂的危害。
13.误导与误用
误用往往是由于推广、销售过程中对各种除草剂应用的错误指导引起，以及产品标签上的使用说明不详细、不确切或因标签受污字迹模糊不清、标签从包装物上脱落等因素所致。误导包括以下几种情况：应用了不宜应用的除草剂品种；用错了除草剂的种类或剂量；用错了除草剂的使用方法。
14.除草剂的产品质量问题
因除草剂产品质量问题引起的药害，主要是由于产品中含有对适用作物有害的活性杂质和有害异构体。
1.雾滴直接飘移与挥发飘移
喷施除草剂时，或多或少都有飘移的问题。尤其应用短侧链苯氧羧酸类、苯甲酸类、二硝基苯类、硫代氨基甲酸酯类及杂环类除草剂之中的一些蒸气压较高、挥发性较强的品种，如2，4滴丁酯、2甲4氯钠、氟乐灵、广灭灵等，在喷施的过程中，由于形成的雾滴过小，空气温度相对过小、光照过强、喷头位置距地面过高，均易造成雾滴挥发与飘移，因此，往往会使邻近被污染的敏感作物及树木等遭受不同程度的危害。其中，以2，4滴丁酯最为严重与突出，在地面喷施，其雾滴有时能飘移到1000～2000m的距离；应用氟乐灵等一些除草剂，在地面喷施，其雾滴有时也能飘移到500m以上距离。
此外，应用芳氧苯氧丙酸类、环己烯酮类、磺酰脲类、咪唑啉酮类、二苯醚类、苯晴类、杂环类除草剂之中的一些对敏感作物危害性较大的品种，如精吡氟禾草灵（精稳杀得）、精喹禾灵（精禾草克）、烯禾啶（拿捕净）、砜嘧磺隆（宝成）、烟嘧磺隆、咪唑乙烟酸（普施特）、溴苯腈、二氯喹啉酸等，或在应用灭生性除草剂，虽然没有雾滴挥发的问题，但由于在喷洒的过程中控制安全用药的措施不严，也会对邻近的敏感作物造成药害。
此类除草剂药害预防方法是在周围有敏感作物的地块尽量避免使用此类除草剂，如必须使用，在喷洒的过程中要严格控制安全用药的措施。
2.药滴沾染与雨点溅染
应用二苯醚类、苯腈类、苯基酞酰亚氨类及杂环类除草剂之中的一些选择性较差的品种，如在大豆田应用氟磺胺草醚或在玉米田应用溴本腈（伴地农）做茎叶处理，由于气象条件不好及作物长势较弱，有时会使大豆或玉米沾药滴的叶片局部产生灼斑。此类除草剂药害预防方法是选择适宜气候条件进行喷洒。另外，在玉米田应用灭生性除草剂，由于防护措施不严，常有少量雾滴落到玉米下部叶片上造成一些局部的药害。此类除草剂药害预防方法是在喷洒的过程中要严格定向喷雾。
3.排灌用水、地表径流及药械、包装物污染
在农田或非耕地，使用某些水溶性较强、持效期较长的选择性、灭生性除草剂，随着降雨形成的地表径流入敏感作物的田中，或随着排水带入灌渠，有时会直接或间接导致作物受害。此类除草剂药害预防方法是在敏感作物田周围不要使用此类除草剂。喷洒苯氧羧酸类、磺酰脲类等一些除草剂之后，如2，4滴丁酯、氯嘧磺隆，未将喷雾器械清洗干净，再去喷洒其他农药或肥料则易引起敏感作物受害。此类除草剂药害预防方法是将喷雾器械清洗干净，再用来喷洒其他农药。对用过的除草剂包装物及残余药液处理不当，也会造成药害。此类除草剂药害预防方法是对用过的除草剂包装物及残余药液进行正确处理，不要丢弃到敏感作物田附近。
4.土壤残留
应用三氮苯类、磺酰脲类、咪唑啉酮类、二苯醚类及杂环类除草剂之中的一些在土壤里残留时间较为持久的除草剂品种，若轮作不当，往往会对后茬作物造成危害。当前常用的有残留影响的除草剂，主要有以下几种：莠去津、嗪草酮、氯嘧磺隆、咪唑乙烟酸、氟磺胺草醚、异恶草松、二氯喹啉酸。此类除草剂药害预防方法是在进行农作物轮换种植时不要种植敏感作物。
5.除草剂选择性不强
用于茎叶处理的触杀型除草剂，如氟磺胺草醚对大豆的选择性（安全性），溴苯腈（伴地农）对玉米的选择性，都不很强，施用之后，难免会使适用作物产生一些暂时性药害。这些除草剂虽然有药害，但因药效较为突出而仍被作为重要的除草剂之一。
此外，还有一些除草剂，如砜嘧磺隆等的安全用量幅度很小，对环境条件要求较严，因此，在应用时稍有用量不准确、施用不均或环境条件不适，便易产生药害。此类除草剂药害预防方法是严格按使用方法和使用量进行施药。
6.除草剂降解产生毒物
由除草剂降解产生有毒物质而引起药害，则称为次生药害。已发现在降解过程中能产生有毒物质的除草剂有禾草丹等。此类除草剂药害预防方法是严格按使用量进行施药。
7.环境条件不良或变化异常
通过研究各种有机除草剂，发现它们或轻或重都会受到环境的影响。在施用当时和施后，若遇到天气变化异常、土壤条件不良等，往往会导致或加重对适用作物的危害。其中某些易受温度、湿度影响的除草剂，施于低洼冷凉、土壤过湿的地块，或在施后遇到低温、多雨、寡照、高温、干旱、大风等，常使作物的幼芽、幼苗遭受不同程度的抑制与危害。例如：在水稻移植田施用丁草胺、莎稗磷、恶草酮等遇到低温时，施用西草净遇到高温时，均对水稻不安全。在水稻旱育苗秧田，应用丁草胺或丁·扑混剂，由于棚内温度最高可达35℃～40℃，最低可降至0℃左右，因此很易引起稻芽、稻苗受害。在这种秧田，应用丁草胺或丁·扑混剂，除了温度过高或过低，若苗床的土壤湿度过大，也易引起稻芽、稻苗受害。
某些易受土壤有机质含量、质地或酸碱度影响的除草剂，用在土壤有机质含量较低、砂质土或pH值较高的农田，也会使作物遭受一定的抑制与危害。例如，在土壤有机质含量小于2%或砂质土、碱性土上应用水溶性较强的嗪草酮及其混剂等，均会引起适用作物受害。
8.施药机械性能不良或作业不标准
使用机引式多喷头喷雾器，由于各个喷嘴的流量不一致，喷幅的联接带重叠及喷嘴后滴等，或采用非扇形喷头，皆能造成喷施药液不均，致使局部地面着药量过多而造成作物受害。此外，喷药时联接喷头的联杆两端未控制在同一高度上，或喷头距地面、叶面过低（低于40cm），喷嘴的方向不正或不一致，地头转弯关闭控制阀不及时，行进速度偏慢，也会导致局部地面、叶面着药量过多而导致作物受害。
使用背负式单喷头、双喷头喷雾器，步行速度不一，把持喷头高低位置不准、左右摆动不定、喷嘴方向不正，给液泵加压不均等，更易使局部地面、叶面着药过量造成药害。采用药土法（毒土法）施药，混拌药土和撒施药土不均，常会造成局部药害。 另外，在施用茎叶处理剂时，尤其是在施用触杀型茎叶处理剂时，配制的药液浓度过大，即液量过少则往往会导致着药不均而造成局部药害。
9.施用方法不当
如在秧田施用丁草胺，就需要在播种当时做土壤表面处理，若未将种子用土盖严或盖土厚度不够，则易造成药害。
10.施用时期不当
大多数选择性除草剂，对作物都有一定的安全施用期，若提前或拖后施用，便易引起作物受害。
11.用药过量
所有选择性除草剂，也都有一定的安全用量幅度。尤其是苯氧羧酸类、苯甲酸类等激素型除草剂和二苯醚类、苯腈类等触杀型除草剂之中的一些安全用量幅度较小的品种，以及各类除草剂之中的一些残留问题较大的品种，还有磺酰脲类、咪唑啉酮类等生物活性极高、用药量很少的一些除草剂之中的安全性稍差的品种，若施用过量，很容易造成药害。然而，有些农民为了获得高效，用药“宁多勿少”，往往应用活性较高、用量较少、用量限度较严的除草剂，由于过量而引起许多药害发生。
12.选用除草剂种类或混用、连用配伍不当
水稻体内有一种芳基酰胺酶对敌稗的水解起重要作用，而2，4滴以及有机磷、氨基甲酸酯类杀虫剂能干扰与抑制芳基酶的活性，若为了扩大杀草谱或兼治潜叶蝇等苗期害虫，将2，4滴或有机磷、氨基甲酸酸酯类杀虫剂混用，则会影响其水解酶对敌稗的解毒而使水稻受害。
在大豆田防除杂草及兼治虫害，若将灭草松与喹禾灵等除草剂或氨基甲酸酯类杀虫剂混用，易使大豆遭受灭草松危害。
在施用某种除草剂之后或之前，相继施用对其安全性有影响的其他除草剂、杀虫剂、杀菌剂等，往往也会引起作物受害。例如，在玉米田施用砜嘧磺隆（宝成）之后，紧接着施用有机磷类杀虫剂；在大豆田施用灭草松之后，紧接着施用有机磷、氨基甲酸酯类杀虫剂；在大豆田施用灭草松之后，又施用扑草净；在大豆田及其他作物田应用了磺酰脲类或其他类长残留除草剂之后，第二年又施用同一类除草剂；在大豆田施用有机磷类、氨基甲酸酯类杀虫剂之后，再施用氟乐灵等二硝基苯胺类除草剂；在大豆田播种以有机磷杀虫剂处理过的种子，再于播后苗前喷施嗪草酮；在水稻田施用敌稗之后，紧接着施用2，4滴或有机磷、氨基甲酸酯类杀虫剂，均易使其作物遭受连用除草剂的危害。
13.误导与误用
误用往往是由于推广、销售过程中对各种除草剂应用的错误指导引起，以及产品标签上的使用说明不详细、不确切或因标签受污字迹模糊不清、标签从包装物上脱落等因素所致。误导包括以下几种情况：应用了不宜应用的除草剂品种；用错了除草剂的种类或剂量；用错了除草剂的使用方法。
14.除草剂的产品质量问题
因除草剂产品质量问题引起的药害，主要是由于产品中含有对适用作物有害的活性杂质和有害异构体。