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本文基于随机前沿分析(SFA)原理,以2004～2008年省际数据为样本,测算并分析中国高校创新效率及其区域差异。实证研究结论为:(1)中国高校创新效率平均水平较低,小于0.5,且呈下降趋势;(2)创新活动人员投入对创新效率的推动作用大于创新活动经费。(3)区域差异分析表明,中国高校创新投入存在规模不经济,高校在增加创新活动投入的同时,亟待加强创新能力的培养和科研管理水平的提升。