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建立柳杉Cryptomeria fortunei CAPS反应优化体系是进行柳杉遗传多样性研究的前提。通过对影响柳杉CAPS遗传标记反应体系结果主要因子的研究，确定了最佳的柳杉CAPS扩增反应体系：含有2．0μL 10×Buffer，0．08mmol·L^-1dNTPs，200mg·L^-1铸型DNA，1．5mmol·L^-1MgCl2，0．1μmol·L^-1引物和41．675nkat Taq DNA聚合酶的20μL反应液。扩增程序是94℃预变性5min