本文运用2005—2015年间全国中小企业股份转让系统挂牌公司的年报数据,分析了税费负担对企业创新能力和升级水平的影响。研究发现,无论是总体税费负担还是直接、间接税费负担的增加都会降低企业的创新能力,减少创新成果,但间接税费的负效应大于直接税费。另一方面,尽管总体税费负担和间接税费负担的增加同样会抑制企业成长,但直接税费负担与企业成长水平呈显著正相关。进一步研究发现,正是创新能力导致不同类别的税费负担影响企业升级水平的差异:企业研发投入增加,在使直接税费负担降低的同时,也导致当期净资产收益率和营业利润率等成长指标下降,结果使得企业的直接税费负担与企业成长呈同向变动。另一方面,随着创新产出和营业收入的增加,以营业收入为税基的间接税费也将增加。因此,进一步降低企业创新活动的税费负担,从长期看不仅有利于促进企业转型升级,而且有利于税收收入的可持续增长。