敲除ARID1A对人肝癌细胞系PLC/PRF/5基因表达调控的影响

来源 :基础医学与临床 | 被引量 : 0次 | 上传用户：lipeng632

【摘要】

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目的探讨肝癌细胞系PLC/PRF/5中敲除ARID1A后对基因表达调控的影响。方法利用CRISPR-Cas9基因编辑技术敲除PLC/PRF/5细胞中ARID1A。然后分别对PLC/PRF/5 ARID1A野生型与敲除

【作者】

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王町町梁俊波王晓月

【机构】

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中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系

【出处】

：

基础医学与临床

【发表日期】

：

2020年4期

【关键词】

：

ARID1A CRISPR 全转录组测序人肝癌细胞系PLC/PRF/5 ARID1ACRISPRRNA-seqhepatocellular carcinoma

【基金项目】

：

中国医学科学院基本科研业务费(2015RC310002)

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目的探讨肝癌细胞系PLC/PRF/5中敲除ARID1A后对基因表达调控的影响。方法利用CRISPR-Cas9基因编辑技术敲除PLC/PRF/5细胞中ARID1A。然后分别对PLC/PRF/5 ARID1A野生型与敲除型细胞进行全转录组测序分析(RNA-seq),并用DESeq2鉴定ARID1A敲除后差异表达基因。最后,使用Metascape数据库对差异表达基因进行GO功能富集分析。结果成功构建PLC/PRF/5 ARID1A敲除细胞系。利用RNA-seq共筛选出978个差异表达基因,包括480个表达上调差

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