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电算化会计信息系统具有与手工会计信息系统不同的一些特点，而且该系统存在着特有的潜在风险，必须在系统中设置有针对性的有效控制手段。为了有效地保护会计信息的准确可靠，电算化系统必须建立在科学的控制体系之中。一方面，电算化系统数据处理必须要有明确的规程和制度，确保只允许经过核准的业务数据才能进入系统进行处理，保证系统程序和数据不被泄密和篡改，保证系统及其处理的数据安全可靠。另一方面，电算化会计信息系统具有高密度储存、方便使用、自动高速运行的特点，又可使所设置的控制手段更好地发挥作用。因此，电算化会计信息系统的控