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在分析温宿县1999--2003年农业生态系统的农业种群结构、产业结构和空间结构的基础上，对本区的农业生态经济系统进行了能流分析。结果显示，在能流方面，本区农田生态系统的能量产出水平和效率都处于较低水平，农田肥料投入单一，主要以化肥为主。分析表明，造成本区农业生态经济系统功能低下的主要原因是由于产业结构不合理、种植业比重过大、生产力水平低下，因而调整和优化产业结构，提高农业生态系统的经济效益势在必行。