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森林生态功能区是国家“十一五”规划纲要中限制开发区域的重要组成部分，主要包括大小兴安岭森林生态功能区、长白山森林生态功能区、川滇森林及生物多样性功能区、秦巴生物多样性功能区、藏东南高原边缘森林生态功能区、新疆阿尔泰山地森林生态功能区等。上述被列为国家限制开发区域的森林生态功能区，因要确保森林生态保护功能，除了因生态效益很难货币化和市场化而受到影响外，其它相关的利益也会或多或少地受到影响。