日本保障食品安全的主力军并不是政府部门，而是行业组织———“农协”。“农协”的全名叫“农业协同组合”，简称“JA”。市场上出售的农产品，包装上只要看到这两个字母，就意味着安全有保障。
　　JA由会员共同投资组建，与其他经济组织不同，它并不是按照持股多少来决定发言权，而是一人一票、平等民主。这种制度可以避免各种资本对农业生产的控制和渗透，实现農业生产的独立运作，保证JA有效监管农产品质量，维护农民的根本利益和长远利益。
　　在JA的组织下，日本的农业生产实现了一条龙运营。所有农产品的生产、加工、流通、贮藏和销售由JA负全责，哪个环节出了问题，都是JA的责任。他们必须很快查清问题所在，并对违规会员进行处理。
　　一旦违规者被踢出JA，他所生产的农产品就无法加上JA标志，没人会买，只有彻底退出农产品生产行业。而且，由于JA实行一人一票原则，害群之马根本没有所谓的“关系”可找。因为损害了大家的共同利益，也没有人会同情。
　　JA除了对会员的农业生产、经营进行指导以外，还负责生产资料的共同购入、农产品的共同销售、生活设施的共同设置和利用。此外，JA还吸纳储蓄和融资为农民发放小额贷款，帮助农民办理保险等，使农民心无旁骛，没有后顾之忧。
　　农民可以专心于某一领域的农业生产，在不断提高专业技术和管理水平的基础上，改善农产品质量，保障食品安全。因此，在JA的帮助下，日本农民从某种意义上说更像精益求精的“农业工匠”。
　　更为重要的是，JA制定了一整套农业生产经营的标准化流程，并指导农民严格执行流程。大到农业发展总体规划，小到农户选种育苗、施药追肥，JA都有相应的服务项目。JA设有“营农指导机构”，聘用农业技术员走村串户推广新品种、新技术，降低病虫害，在源头上对农产品质量进行监管。
　　农产品的储存和加工，也是保证食品安全的重要环节。农民因为力量有限而且分散，往往无法采用最科学、最严格的方法。因此，JA统一负责农产品的储存与加工工作。目前，JA拥有鲜活农产品加工、冷藏、贮藏等16026处设施，另有农业仓库8400所，建筑面积达299万平方米。
　　2001年，日本开始实施农产品与食品追踪制度，JA负责具体执行。JA下属的各地农户必须准确记录米面、果蔬、肉制品和乳制品等农产品的生产者、农田所在地、使用农药和肥料的名称、浓度、使用次数、使用日期，以及农产品收获、上市、出售日期等信息。
　　JA收集这些信息，整理成数据库公布到网上，供消费者查询。这种措施不仅在食品安全性及质量等方面做到透明，让消费者充分获得知情权，而且在发生食品安全事故时，也能根据农产品的“身份”号码，及时查出事故原因，做到责任具体到人。
　　有了“身份证”后，农产品在流通中的管理就变得易于操作。食品供应链后端，JA还会陆续加入添加剂等信息，并保管所有信息三年。这就是日本最具特色的“全农安心系统”。
　　日本在农业生产上具有土地较为分散、生产单位小的特点。可是，日本却把农业生产者有效组织起来，成立功能强大的自治团体，办好了政府都很难办好的事。通过合理的制度设计，让生产者们自己来清除害群之马，维护自身根本利益，或许才是食品安全的治本之策。