目的:基于转录组测序技术探索风湿宁胶囊(FSN)治疗RA的关键基因。方法:大鼠按随机数字表法分为正常、CIA、复合模型、FSN-CIA低、中、高及FSN-复合低、中、高、Tofacitinib、塞隆风湿组各12只,正常组、模型组生理盐水灌胃,给药组FSN每日1次28 d,通过关节肿胀度、关节病理、相关炎性细胞水平观察FSN治疗效果;Illumina Hi Seq 4000测序分析正常、CIA、复合模型、FSN-CIA高剂量、FSN-复合高剂量5组大鼠,对差异基因进行GO、KEGG分析。结果:模型组大鼠关节肿胀度、炎性细胞因子水平明显升高,治疗组关节红肿减轻、关节病理特征改善,炎性细胞因子水平降低,共检测9070个新转录本,GO分析表明,差异基因富集在细胞进程、代谢、免疫等;KEGG分析表明,差异基因富集在遗传信息进程、人类疾病等,复合模型与其给药组、CIA与复合模型组、CIA与其给药组差异基因分别上调54、1和65个以及下调30、2和0个。结论:FSN胶囊可明显改善CIA大鼠相关生理指标及关节病理特征,YB-1可能为FSN胶囊治疗RA的关键蛋白之一。