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以甘菊为试验材料,研究了影响cDNA-AFLP反应体系的几个关键因素,建立了适宜甘菊的cDNA-AFLP分析体系,并得到了清晰可辨的cDNA-AFLP指纹图谱。结果表明：适用于甘菊叶片总RNA提取的方法为改进的Trizol法;酶切连接采用一步法,dscDNA酶切用量为300ng,酶切连接时间为8h;PCR选择性扩增反应时,反应体系中最佳组合为：引物浓度0.4mM、Mg2＋浓度1.25mM、Taq酶浓度0.9U、dNTP浓度0.3mM。