大量孔子乌标本的出现，使得我们能够识别这一早期鸟类的一些前所未知的形态特征。依据这些特征，并结合近年来中国发现的其他中生代鸟类资料，我们可以进一步探讨早期鸟类研究中存在的某些问题，诸如鸟类飞行的起源等。孔子鸟头骨的最典型特征是进步的角质像的出现和原始眶后骨的完全保留。孔子鸟的眶后骨和颧骨相连接，这一特征尚未见于其他鸟类。由于始祖鸟也已缺失了眶后骨，因此眶后骨在孔子鸟中的存在，进一步证实了始祖鸟在早期鸟类演化中的旁支地位，同时也表明，鸟类真正的祖先比我们以往所了解的更加原始。孔子鸟保留了三个指爪。第三指爪（中间一个）常较退化，这和飞羽附着第三指有关。发育的趾爪及指爪，显示孔子鸟适应攀援树木的生活。基本愈合的尾椎和尚不完善的飞行器官，不仅支持这一假设，而且可能还表明，孔子鸟尚不能从地面起飞。孔子鸟尚未发育小冀羽，这也更加证实了其飞行的原始性。孔子鸟的某些个体，保存一对长的尾羽，这可能代表雄性的特征。另一些个体的头部还保留装饰性羽毛。数百件个体的集中发现或许还表明，孔子鸟具备了某些现生鸟类集群性的行为方式。个体大小的变化在早期鸟类飞行能力演化中的作用十分显著。早白垩世的反鸟类的成员都明显小于始祖鸟和孔子鸟，加之拥?