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任何高性能科学计算（HPC）课题都是一项复杂的系统工程，其具体的应用效率要受到来自硬件和软件等许多因素，主要如并行算法、流水线技术、层次存储器技术和网络互联结构等的制约，诸因素既互相独立又互相关联。本文从一个典型的高性能科学计算——格点量子色动力学研究模型入手，在分析了HPC所涉硬软件存在的一些共性特征的基础上，总结出一些能够改善高性能科学计算应用效率的方法。通过对这些方法长期的应用实践和专门实验，证明它们是有效的。