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对机载激光测深数据进行去噪拟合是提取水底地形的关键步骤。本文对比了小波自适应阈值去噪、经验模型去噪(EMD)以及联合去噪的效果,利用多元高斯拟合对去噪效果进行检验。对比得到了最优去噪算法及最优参数选择,实现对海底特征的高精度提取。结果表明:在测深数据进行小波阈值去噪时,固定阈值小波去噪效果优于其他去噪效果,去噪分解层级6层以上趋于稳定,对去噪数据进行五阶高斯拟合后平均精度达到8.218 2。本文算法具有较强的稳健性,能够满足蓝绿激光实际应用的技术要求,为精确提取海底特征信息提供参考。