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分析不同的区域分解方法及优先级插入算法对二维柱几何下中子输运方程Sn间断有限元方程并行效率的影响，给出基于最小面体比的正方形区域分解方法及沿径向的优先级插入算法，并通过将正方形区域分解方法与径向优先级插入算法进行组合，形成新的算法，新算法更适应于二维柱几何下输运方程Sn间断有限元方法的并行计算．数值试验表明，在通信延迟较高的大型国产并行机上，新算法用数百个CPU还可以取得较好的并行效果，比已有方法具有更良好的可扩展性．