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我国研究型大学基层学术组织的现实逻辑基础可以概括为学科目录逻辑、问题逻辑和单位逻辑，但最为本原的逻辑基础是政治逻辑。这一逻辑虽然使我国研究型大学基层学术组织获得了政治上的合法性，但却没有同时获得学术上的完全合理性。基于知识论的学术逻辑应该成为我国研究型大学基层学术组织的首要逻辑基础，应该按照学术本位和回应社会这“两项基本原则”，在我国研究型大学基层学术组织改革中践行基于知识论的学术逻辑。