随着我国社会的不断进步，我国的经济进入了一个飞速发展的阶段，在这样的环境之下，财务会计在财务管理之中的作用愈发重要，相关的制度也逐步趋于完善。现如今，随着我国医疗体制的进步，以及关于医院会计制度的改革，人们对于医疗机构内部财务管理的要求也在不断增加，这在乡镇卫生院之中也是一样。在如今乡镇卫生院会计集中核算的工作之中，对于内部控制的讨论愈来愈多，人们对于财务核算也愈发重视。这就要求乡镇卫生院在提高自身医疗服务水平的同时，也要提升财务管理的水平，这样才能让乡镇卫生院获得更好的发展。本文重点讨论了现阶段乡镇卫生院会计集中核算的内部控制的现状，发现了在乡镇卫生院会计集中核算的内部控制过程中遇到的问题，并就这些问题提出了完善乡镇卫生院会计集中核算的内部控制的具体方法，以此来提高乡镇卫生院的财务管理水平，进一步促进乡镇卫生院的发展。