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蛋白质的功能与其在细胞中的定位有着密切的联系，新合成的蛋白质必须处于适当的亚细胞位置才能正确的行使其功能．预测蛋白质的亚细胞定位，在确定一个未知蛋白质的功能，了解蛋白质相互作用等方面有着重要的意义．机器学习方法在蛋白质亚细胞定位研究中扮演着一个重要的角色．笔者从数据集的构建、蛋白质序列特征提取方法、蛋白质亚细胞定位预测算法以及预测算法的性能评估等四方面总结了过去十几年间机器学习方法在蛋白质亚细胞定位研究中的应用情况，系统阐述了蛋白质亚细胞定位预测研究的进展．