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利用因子分析方法，对海西主要城市的自主创新能力进行实证研究，结果表明：自主创新能力厦门最高，宁德最差；自主创新能力发展极不平衡；投入产出效率低以及自主创新能力与实际生产力之间有较大差距。应采取有效措施，促进科技资质及技术标准的统一，实行统一的科技政策规章，完善风险投资机制，建立产学研合作机制，健全科技中介体系，建设科技共享平台，这是推动海西自主创新能力协调发展的重要对策。