创建于19、20世纪之交的圣约翰大学医学院、震旦大学医学院和同德医学院三座医学殿堂，于1952年合并成立了上海第二医学院，1985年改名为“上海第二医科大学”。2005年7月，两所有着百余年办学历史的大学——上海交通大学和上海第二医科大学合并，成立了新上海交通大学和上海交通大学医学院。2010年11月，学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批十个重点高校中的一员。
　　医学院坚决贯彻“人才强院”的主战略，切实加强高层次人才队伍建设，大师云集、人才荟萃。拥有一批国内著名的医学专家和学者，有中国科学院院士2人，中国工程院院士13人，国家“973”項目首席科学家18人等一批在国内外有一定影响的学者。2010年，我院王振义院士荣获国家最高科技奖。有8个一级学科博士学位授权点、4个一级学科博士后流动站。
　　医学院现拥有重庆南路、闵行两个校区，包含23个学院（系），13所附属医院。目前设有7个本科专业（临床医学、口腔医学、生物医学科学、预防医学、医学检验技术、护理学、食品卫生与营养学），其中，临床医学、口腔医学、医学检验、护理学为国家特色专业；其中临床医学八年制（法文班）与（4+4硕博班）、临床医学五年制（儿科学方向）与（英语班）是学院的特色班级。2015年以培养生命科学领域卓越领军人才为目标，新增生物医学科学专业。目前在校学生7653名，其中本科及长学制学生2746名。2010年起，医学院率先探索和实践临床医学专业“5+3”及“5+3+X”改革，深度参与上海市住院医师规范化培训工作。
　　2012年入选教育部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校，并担任上海市卓越医学教育计划专家组组长单位。在ESI全球医学学科排名中，全球研究机构前1%的学科医学院有7个，其中4个学科处在前1‰，临床医学学科进入全球研究机构前0.2‰。在2013年1月29日教育部学位与研究生教育发展中心公布的学科评估结果，我院临床医学全国排名领先、口腔医学排名第二、基础医学排名第三、护理学排名第五、公共卫生与预防医学排名第十，标志着我院学科综合实力稳居全国前列。
　　医学事业承载着祖国卫生事业发展之大计，关乎于社会百姓健康维系之命运。在全面贯彻落实国家医疗卫生体制改革项目的基础上，我院各附属医院不断提升医疗卫生服务水平。现共有13所附属医院，其中8所综合性医院、5所专科性附属医院。拥有74个国家重点临床专科，数量占上海市国家级临床重点专科总数的54%。
　　医学院持续深化国际合作，注重对外交流，医学教育国际化水平不断提高。已与19个国家和地区的63所大学及科研机构展开了广泛的合作。聘请了200余位国外专家作为学院的名誉教授、顾问教授和客座教授。2013年10月学院与渥太华大学医学院签署的《上海交通大学医学院渥太华大学医学院合作协议》，成立“上海交通大学-渥太华大学联合医学院”，2015年起正式开始招生。实现国际合作医学办学由项目化到系统化的重大转变。
　　抚今追昔、知史鉴往，继往开来、任重道远，全体上海交通大学医学院人将化梦想为行动，执着医学信念、探索科学真理，凝心聚力、抓住机遇，勇立潮头、敢为人先，为努力创建世界一流的医学院，为祖国医疗卫生事业的进步不懈努力。