当前,水资源的供需矛盾制约着社会经济的快速发展,提高水资源的利用效率是当务之急。通过水权交易,一些水资源富集地区可以将多余的水资源转让出去,既解决了缺水地区的燃眉之急,又给当地带来收益,因此水权交易具有广阔前景。比较优势理论的提出至今已近200年,但仍不失为指导一般贸易实践的基本原则。不仅如此,比较优势理论的原理除了可以用于对国际贸易问题的分析以外,还有较为广泛的一般适用性。本文在这样的背景下从研究水权交易和比较优势的相关理论出发,找出了基于比较优势理论的水权交易影响因素,并进行了理论分析。然后运用层次分析法计算出各影响因素的权重,进行排序比较,同时选取北京市的相关数据为变量,借助SPSS19.0统计分析软件,进行了水权交易资源供给能力,经济制度支持能力和技术能力之间的相关性分析,得出三者对于水权交易影响因素总体评价水平以及三者之间均存在正相关关系的结论。最后在实证分析的基础上,提出了重视资源保护,优化水资源利用结构,发展地区经济,注重制度支持能力建设,大力发展水利科技,加强技术能力的对策措施。