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应用筛选的8个Operon随机引物对供试菌株的DNA进行扩增，所产生的RAPD图谱揭示了香蕉炭疽菌具有丰富的种内遗传多样性。UPGMA聚类分析的结果表明：26个香蕉炭疽菌被分为两个与地理来源相关的RAPD聚类群，它们分别由广东菌株和海南菌株为主组成。在两个香蕉菌群的外侧，两个胶胞炭疽菌菌株聚为一个小的外群。这些结果表明香蕉炭疽菌存在有与地域相关的种下类群分化。