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从系统结构、系统环境、系统信息悖论和系统非线性四个方面,简要分析了集群创新系统的不确定性,指出了集群创新系统不确定性的本质和不确定性产生的因素,并把熵理论运用到集群创新系统不确定性的研究中,为集群创新系统的管理和控制提供了有效方法。通过从投入产出角度进行数据仿真可以得知：运用熵理论不仅能够对集群创新系统的不确定性做出比较精确的评估,而且可以有效地控制集群创新系统的运作。