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区域创新系统是在特定的经济区域内,各种与创新主体相联系的主体要素(创新的机构和组织)、非主体要素(创新所需要的物质条件)以及协调各要素之间关系的制度和政策网络.从主体角度入手,通过构建演化博弈模型对区域创新系统中企业、科研机构和政府多主体之间的行为进行博弈分析,探讨了均衡点的稳定性,应用matlab2016进行数值仿真,并提出相应对策来提高创新效率.研究结果表明:企业和科研机构的合作意愿会影响政府是否选择鼓励政策,政府可从提高二者合作意愿入手采取政策来促成合作.