电商在新冠肺炎疫情防控中对保障农产品流通发挥了重要作用。基于相关理论和实践分析新冠肺炎疫情防控中的农产品流通堵塞及其原因，提炼农产品应急流通渠道基本结构，探究电商驱动农产品流通体系转型的机理，构建电商驱动的数字化农产品流通体系基本模型。研究发现，当前批发市场在我国农产品流通中居于核心位置，在信息扩散、物流整合、商流对接等方面发挥重要作用，而新冠肺炎疫情防控期间导致农产品流通堵塞的主要原因就是批发市场封闭和干线物流成本高企所带来的物理空间上的流通不畅。鉴于此，从短期看，应考虑在虚拟空间（涉及商流和信息流）上加以改进，建立农产品应急流通渠道；从长期看，应充分发挥电商的驱动作用，推动农产品流通体系数字化转型，实现对农产品流通信息的高效传递、对商流的强化支撑、对物流与人流运作的有效指引。这种电商驱动的农产品流通体系数字化转型强调以市场需求为导向，通过促进农产品流通供应链体系的多元化升级、农产品流通数据平台的整合连通、农产品流通服务平台的协同发展，提高农产品流通体系的效率和抗风险能力。为更好地实现农产品流通体系数字化转型，应加强对农产品批发市场的现代化改造和数字化升级，统筹做好公路交通保通保畅工作，重点保障农产品干线物流运作，充分发挥电商平台、涉农企业、社会组织等市场主体的作用，鼓励其共同参与农产品流通保障工作。