【摘 要】
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PERM是一种用来求解基于HP模型的蛋白质折叠问题的高效算法．在介绍PERM算法核心思想的基础上，对影响算法效率的N素做了改进：重新定义了权重和权重预测公式，并对选择动作时不同情
【机 构】
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中师范大学教育信息技术工程研究中心,中科技大学计算机科学与技术学院
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(10471051);国家“九七三”重点基础研究发展规划基金项目(2004CB318000)
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PERM是一种用来求解基于HP模型的蛋白质折叠问题的高效算法．在介绍PERM算法核心思想的基础上，对影响算法效率的N素做了改进：重新定义了权重和权重预测公式，并对选择动作时不同情况下的权重计算公式进行了统一，得到了改进的PERM算法．对当前文献中的多个典型算例进行了测试，并与Monte Carlo算法和PERM进行了比较．结果表明，改进后的PERM算法在计算速度上比PERM有明显提高，在速度和优度上远高于Monte Carlo算法．特别是对链长为46的算例，找到了比文献中报道的结果能量更低的构形．
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