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采用正交设计进行香樟（Cinnamomum camphora）ISSR分析技术体系的优化试验，结果发现其最佳体系如下：总反应体积20μL，IIPCR Buffer，2．5mmol／L MgCl2，200nmol／L引物，150μmol／L dNTPs，30ng模板，0．5U Taq酶。应用上述优化的ISSR体系，对香樟变异种金叶红樟进行检测，结果表明：与其它野生型材料相比，2个变异类型样品均有独特的扩增条带出现，说明所建立的ISSR技术体系用于香樟不同遗传材料的遗传差异检测是有效的。