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对马铃薯ISSR反应体系4种重要的影响因子中Mg^2+,dNTP,引物,Taq聚合酶的最适浓度进行了筛选,并利用所选出的几种适宜的引物,对L6,TW2,DX35,HM66,XY215个马铃薯品系进行了ISSR试验分析.结果表明:马铃薯最适ISSR反应条件为:Mg^2+浓度1.5 mmol·L^-1;dNTP浓度为2.0 mmol·L^-1;Taq聚合酶2.0 U;引物1.5 mmol·L^-1.从ISSR引物中筛选出5个适宜的引物,共扩增出169个条带,DNA片段长度在200