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无论是过剩的饵料还是养殖生物的代谢产物，其中均含有含氮的有机物。这些含氮的有机物经微生物的氨化作用，首先转变为无机形态的氨氮。氨氮是由铵根离子(NH4^+)和非离子氨(NH3)所构成的，其存在受水体pH值和水温的影响较大。一般在酸性环境和较低的水温中，氨氮均以铵根离子存在，其对养殖生物无直接的毒性影响，且是水生浮游植物良好的生长营养元素。但因其可刺激藻类的生长，可引起水质的富营养化而危害养殖生物。在