鼻腔、口腔和咽部，都是人体与外界相通的重要器官，空气、食物和物质通过它们进入机体的同时，也为机体带来了各种纷繁复杂的微生物。这些微生物在这些位置定居下来，形成了机体在这些部位的重要微生态系统。这些微生态系统的建立、存在和发展，与这些部位的结构、机体的免疫状况、个人生活习惯等诸多因素息息相关。美国国立卫生研究院（NIH）继人类基因组工程之后新的基金工程——人类微生物组项目（HMP）发现，即使在健康个体间，身体每个位点的微生物的多样性和数量差异也很大；在个体和个体间更具有强烈的特异性，身体各部位的微生物群落也完全不同。鼻腔、口腔与咽部是人体相连但却不同的解剖部位，其不同性质的环境造就了其微生物群落的截然不同。口腔内牙齿上的微生物与唾液中的微生物也不相同。
　　口腔和鼻咽部的细菌各不相同
　　寄居在鼻腔的常驻微生物以葡萄球菌为最多，其次是占多数的肺炎双球菌、奈氏菌属、嗜血流感杆菌等和少数一些过路菌种。
　　咽部的鼻咽与口咽是两个不同的微小生态环境，存在着各自有别的较多的常驻菌、较少的过路菌和介于两者之间的少量菌种。
　　鼻咽部链球菌与嗜血流感杆菌数量大，正常人都可被检测出来。链球菌中的甲型（绿色）溶血菌种与非溶血性菌种、肺炎双球菌和奈氏菌属几乎占全部活菌数的90%以上。此外，葡萄球菌也是常驻菌，但其数量远较鼻腔内的数量少得多。唾液链球菌、韦荣氏球菌、副流感杆菌、梭菌、螺旋体及病毒均可被正常地分离出来，只不过数量不多，这些菌介于常驻菌与过路菌之间。在这一区域的过路菌有双歧杆菌、放线菌、大肠杆菌、绿脓杆菌等。这些微生物在正常情况下不致病。
　　口腔咽部的常驻微生物群落以链球菌、奈氏菌属、流感嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、肺炎双球菌、白色念珠菌等为主。这些菌中有些介于常驻菌与过路菌之间，可被分离出来，只是数量较少而已。口腔咽部的过路菌有丙酸杆菌、双歧杆菌、纤毛杆菌及丝状杆菌等。这部分微生物受口腔及鼻腔正常微生物群落的影响较大。
　　口腔包括很多组织器官，如唇、颊、牙齿、唾液腺等，有适合微生物生存的温度与湿度，是一个复杂的生态环境。除牙齿以外，口腔所有器官都被黏膜覆盖，口腔黏膜和牙齿表面都适于许多微生物的生长与繁殖，而且口腔唾液中的成分对口腔微生物的种类和数量影响较大。人出生时，机体的口腔是无菌的，但在几小时到一天之内，口腔内即可出现一些菌群，这些菌群大多来自于母体，且为需氧菌。新生儿口腔内因无厌氧环境，所以很少有厌氧菌定植；在成人口腔中，微生物群落以需氧和兼性厌氧菌为主。迄今为止，人类口腔微生物组数据库（HOMD）已经记录了645种微生物。唾液的细菌群落至少由三十多种菌组成，而这些细菌大多数来自口腔黏膜。此外，在牙齿表面的牙菌斑生物膜以及牙龈沟中，细菌数量同样不计其数。
　　口腔中最常见的菌群是甲型链球菌和厌氧链球菌，其次是表皮葡萄球菌、奈瑟菌、乳杆菌、螺旋体、假丝酵母等，这些定植菌群对宿主是有益菌，也称为固有菌群。固有菌群的定植是微生物与宿主两方面共同的遗传学机制决定的。
　　健康人的口腔中也存在数量丰富的真菌，其中假丝酵母菌最多。唾液中的病毒主要以噬菌体的方式存在，而噬菌体的成分是瞬时不同的。口腔中也有相当数量的真核病毒，例如巨细胞病毒、EB病毒、人类疱疹病毒等，它们在人体抵抗力降低时可以引起疾病。