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RNA伪结预测是RNA研究的一个难点问题。文中提出一种基于堆积协变信息与最小自由能的RNA伪结预测方法。该方法使用已知结构的RNA比对序列（ClustalW比对和结构比对）测试此方法，侧重考虑相邻碱基对之间相互作用形成的堆积协变信息，并结合最小自由能方法对碱基配对综合评分，通过逐步达代求得含伪结的RNA二级结构。结果表明，此方法能正确预测伪结，其平均敏感性和特异性优于参考算法，并且结构比对的预测性能比ClustalW比对的预测性能更加稳定。文中同时讨论了不同协变信息权重因子对预测性能的影响，发现权重因子比