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目的：分析滇南小耳猪与云南野猪(S.s.silvianus)SLA-DQA基因不同酶切位点的基因型多态性以及等位基因的多态性，检验这些酶切位点上的基因频率是否达到Hardy-Weinberg平衡。方法：采用EcoR I和Alu I两种限制性内切酶对滇南小耳猪和云南野猪SLA-DQA第1和第2内含子部分序列以及完整的外显子2进行PCR-RFLP分析。结果：在EeoR I与Alu I酶切位点上均得到3种基因型，在这两个酶切位点上版纳系有9种组合基因型，明光系有8种组合基因型，而野猪仅发现4种组合基因型。经X2适合性检验表明：滇南小耳猪SLA-DQA外显子2在EcoR I与Alu I酶切位点上均未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05)，但明光系和云南野猪在两酶切位点均达到了平衡状态(p＞0.05)。结论：滇南小耳猪SLA-DQA在EcDR I与Alu I酶切位点均表现为中度多态，云南野猪在EcoR I为中度多态，在Alu I酶切位点则为低度多态；滇南小耳猪的Hardy-Weinberg不平衡主要来自版纳系小耳猪。